西暦2050年、宇宙の開発()を進めて()いた地球の人類は()、突如として250年後の未来から現れた謎の敵エルダー軍の奇襲を受けた。西()暦2300年のエルダー星は、地球人類の侵略を受け、トリニティエネルギーを利用した地球の兵器の前に圧倒的不利の情勢にあった。彼らエルダー星人の目的はただ一つ、水爆の()数十倍もの力を秘めた新エネ()ルギー()であるトリニティ()エネルギーを強奪し、歴史を改変()すること。
エルダー()星人は地球人たちが入植し()ていた木星の衛星イオを占領。そして地球のトリニティエネルギーを奪うた()めに、コスモザウルスでトリニテ()ィシティに攻撃を開始した()。闘志也たちはゴッドシグマで地球とトリニティエネルギーを守り、そし()てイオを奪還するべ()く長い戦いを繰り広げてゆく。